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基因組從頭測序(De novo sequencing)

不依賴參考基因對海洋動物進行全基因組測序及拼接組裝,繪制出該物種的全基因組序列圖譜?;蚪M測序可以獲得該物種的全基因組序列,同時為后續鑒定物種特性,海洋特殊環境適應性及特殊生物生理學特點研究奠定了基礎。


           







生物信息基礎分析

基因組序列是研究物種分子生物學的基礎,通過全基因組De novo測序并進行全基因組組裝,可得到物種全基因組序列圖譜。隨后在全基因組進行重復序列,基因結構和基因功能的預測。            


       
         




生物信息個性化分析

全基因組測序完成后不僅可進行常規標準分析,還可針對所研究物種的個性化生物學問題進行分析,針對某一類或特定一個物種的自身特點,結合轉錄組、重測序信息展開深入分析。并通過比較基因組學分析可對物種進行基因家族,系統進化,全基因組共線性和生物學特性分析。

           





經典案例

海馬的腹鰭在進化過程中逐漸退化和消失。通過海馬、三棘魚、斑馬魚全基因組共線性比較,我們發現tbx4基因(調節骨頭形成的關鍵調控因子)在海馬中特異性丟失。并且我們在斑馬魚中對tbx4基因進行基因敲除,最后得到的純系敲除斑馬魚突變體確實缺少腹鰭。因此我們驗證海馬腹鰭的消失是由于tbx4基因的缺失而導致。