華大海洋
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首頁 / 科研優勢


華大海洋在水生生物基因組研究、分子標記輔助育種和基因組選擇育種、水生生物基因大數據挖掘與保存等領域提供科研服務??蒲蟹盏膶ο蟀ㄖ袊a科學研究院、中山大學、廈門大學、華南農業大學、華南師范大學、南京師范大學、汕頭大學、海南大學、海南熱帶海洋學院、海南省海洋與漁業科學院、廣東省海洋漁業試驗中心等單位。


       


具體服務內容包括基因組測序與組裝,主要內容是采用二代短片段測序、三代長片段測序和HIC測序獲得染色體級別的基因組精細圖譜(圖1),并對基因組重復序列進行注釋和基因集進行注釋,以及基因組和基因集完整性的評估等基本內容。


         



基因組個性化分析,結合目標物種的生物學特征或特殊性狀,挖掘相關的基因或調控通路,并結合轉錄組、蛋白質組等多組學數據或基因功能驗證實驗等闡述遺傳機理。


       



高密度遺傳連鎖圖譜構建,利用全同胞家系材料,采用全基因組重測序或簡化基因組測序,識別家系群體的SNPs,采用JoinMap、LepMap等軟件流程構建遺傳連鎖圖譜。


       

連鎖分析,利用全同胞家系的表型數據,在構建遺傳連鎖圖譜的基礎上,定位與性狀相關的區域。


       

全基因組關聯分析,基于自然群體全基因組重測序或簡化基因組測序,識別自然群體的SNPs,并結合表型數據,識別與性狀顯著相關的SNPs。


       


基因組選擇模擬分析,基于真實的SNP數據和表型數據,利用模擬軟件,產生大規模的模擬SNP數據和表型數據,并對遺傳力、群體數量、SNP數量、QTL數量、變異頻率等設置不同的參數,評估不同基因組選擇算法的準確性,為真實的基因組選擇提供重要參考。


       



基因大數據挖掘與保存,從樣本的鑒定、采集、保存、測序方法等方面形成規范性操作文檔,建立生物樣本庫,對測序下機數據進行標準分析,形成規范統一的數據庫,為生物基因大數據的應用提供基礎。